L’agriculture intensive, en produisant des quantités considérables de nitrates et d’azote, participe également à l’appauvrissement des milieux aquatiques. Ces composés se déversent dans les rivières puis dans les mers et les océans. Ils font alors office d’engrais engendrant une prolifération d’algues qui, en se décomposant, polluent.
Les rivières, lacs et étangs ne sont pas épargnés. L’introduction d’espèces carnassières comme le sandre, le black-bass, les perches et truites arc-en-ciel provoquent des déséquilibres. Les écrevisses américaines échappées d’élevages, disparues aujourd’hui car non rentables, ont eu raison de nos espèces autochtones dans certaines régions.
D’autres espèces jadis très abondantes, comme le brochet, sont de nos jours classées vulnérables. Différents facteurs liés à l’humain contribuent à cette raréfaction : plans d’eau régulièrement curés, nombreux barrages construits sur les fleuves, sable de rivière et galets extraits par milliers de tonnes, eau utilisée pour l’agriculture. Les zones humides ou prairies inondables sont asséchées car jugées inexploitables, or, ce sont ces zones inondées une partie de l’année que les brochets, notamment, utilisent comme frayères.
Jusqu’au début du siècle dernier, l’anguille était le poisson parmi les plus représentés dans les moindres zones humides. Désormais on le classe aussi vulnérable. En effet, l’anguille traverse l’Atlantique pour se reproduire dans la mer des Sargasses. Les civelles font le chemin inverse et remontent nos cours d’eau pour achever leur croissance pendant plusieurs années. Arrivées à maturité, elles retournent où elles sont nées pour se reproduire. Leur périple est parsemé d’entraves à leur libre circulation. Les nombreux ouvrages présents sur les fleuves et rivières les bloquent, ce qui provoque des transmissions de maladies dues au confinement, une compétition alimentaire accrue dans un espace restreint, et deviennent une source de proies facile pour les prédateurs. Pour celles qui ont réussi à éviter ces dangers, le retour vers la mer se termine fréquemment dans les dispositifs de turbinage. À cela s’ajoute la pêche dans les estuaires, à destination des pays asiatiques, qui représente plus de cinq cents tonnes par an, sans compter le braconnage. Et depuis quelques années, les anguilles sont victimes d’un parasite de la vessie natatoire.